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chi-biotech 細菌denovo測序


  細菌基因組測序主要針對無參考序列的物種進行測序,樣品基因組測序后從頭開始組裝。根據物種本身的特點和測序深度的不同,最終的組裝結果會存在一定的差異。對于細菌樣品,最高可組裝成一條完整的序列。根據組裝結果,可預測細菌基因組中包含的基因,通過功能數據庫比對可得到基因的功能注釋信息。在病原菌的致病性、疾病的預防和治療等方面有廣泛的應用。


       根據不同的研究目的與需求,以及不同的組裝程度需求,細菌基因組測序提供以下兩種產品類型:細菌框架圖、細菌完成圖。



技術路線




技術參數



細菌框架圖

細菌完成圖

樣本類型

基因組DNA

基因組DNA

總量、濃度要求

m≥2 μg,c≥50 ng/μL

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

測序平臺

HiSeq PE150

PacBio為主,與HiSeq等其他平臺結合

測序策略

≥200X

小片段文庫(350bp)≥100X

大片段文庫(10K)≥100X

建庫策略

小片段文庫(350bp)

小片段文庫(350bp)+大片段文庫(10K)

指標

初級組裝

1 contig,0 gap

項目周期

30個工作日

60個工作日




生物信息分析內容



1、數據質控
2、Denovo組裝
3、基因組組分分析(基因島、重復序列、非編碼RNA、基因預測、CRISPR、前噬菌體)
4、基因功能注釋(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白預測、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)
6、比較基因組分析(共線性分析、Core-pan分析、進化分析)