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chi-biotech 16S/18S/ITS擴增子測序


  擴增子測序是指通過對環境樣品,用特定引物進行PCR擴增后,對特定長度的PCR產物進行測序的過程。根據不同的研究目的和需求,擴增子測序主要包括16S rDNA測序、18S rDNA測序、ITS測序。


      16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列,存在于所有細菌染色體基因中。共包括9個可變區和10個保守區,保守序列區域反映了生物物種間的親緣關系,而高變序列區域則能體現物種間的差異。通過對16S rDNA中某個可變區進行測序,可以對特定環境下的細菌和古菌進行微生物群落多樣性的鑒定。


      18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA(18SrRNA)的DNA序列,序列中既有保守區又有可變區。由于18SrDNA在進化速率上比較保守,可以檢測特定環境下的真菌群落多樣性。


      內轉錄間隔區ITS是位于真菌核糖體DNA(rDNA)上18S 和28S 基因之間的區域片段,主要包括內轉錄間隔區1(ITS1)、5.8S rDNA、內轉錄間隔區2(ITS2),其兩側分別是18S RNA 基因和28S RNA 基因。ITS序列由于選擇壓力小,因此在進化過程中能夠承受更多的變異,也可用于檢測特定環境下的真菌群落多樣性。


技術參數


樣本類型:
基因組DNA,樣本總量≥2 μg,樣本濃度:≥50 ng/μL
PCR產物,樣本總量≥400ng,樣本濃度≥20 ng/μL
測序策略:HiSeq PE250,推薦測序數據量:3萬條Tags
項目周期:40個工作日



生物信息分析內容




1、數據質控
2、Paired-end reads拼接成Tags
3、去除嵌合體
4、OTUs聚類及物種注釋
5、物種組成和豐度統計
6、Alpha多樣性分析
7、Beta多樣性分析
8、主成分分析(PCA分析)/主坐標分析(PCoA分析)
9、多元統計分析(T-test、Metastat分析、LEfSe分析、Anosim和MRPP分析)