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chi-biotech 翻譯組測序

  

  翻譯組學主要研究mRNA,tRNA,microRNA,核糖體,新生肽鏈等物質的種類與豐度,動態與動力學性質,以及它們所擔負的生物學功能。編碼在DNA上的信息要經過轉錄和翻譯,最終生成蛋白質,才能執行生物學功能。翻譯控制在生物抗逆、病毒侵襲、腫瘤發生與發展等宏觀過程都有著緊密的聯系。此外,翻譯組學的研究對生化工程、合成生物學等應用科學也具有直接的指導意義。翻譯組學被國際人類蛋白質組計劃(HPP)列為四大支柱之一。


研究方法


  mRNA經過轉錄加工為成熟的mRNA后,還需要翻譯為蛋白才能發揮其功能。翻譯過程中會形成核糖體-新生肽鏈復合物(RNC,Ribosome Nascent-chain Complex),復合物中的mRNA即為能翻譯成蛋白的mRNA。翻譯組測序用超速離心的方法分離出RNC并進一步分離其中的mRNA進行測序,可得到正在翻譯的mRNA信息。


實驗流程




技術參數


技術參數樣本類型:組織或細胞。承啟生物可提供RNC分離及mRNA提取??突Р杉?,需采用公司提供RNC-mRNA測序專用樣本保存液。
測序策略:HiSeq PE150,推薦數據量:3G clean data
項目周期:35個工作日


生物信息分析內容


1、數據質控
2、基因表達水平分析
3、差異基因篩選
4、GO/KEGG富集分析
5、蛋白互作網絡分析
6、與轉錄組測序或蛋白質組數據聯合分析
7、可視化結果展示


應用方向


1、發現和鑒定新蛋白
2、蛋白質差異表達分析
3、非編碼RNA(miRNA、LncRNA、cirRNA)作用機制研究




已發表代表文章:


[1] Chen Y, Li Y, Zhong J, Zhang J, Chen Z, Yang L, Cao X, He QY *, Zhang G *, Wang T *.Identification of missing proteins defined by chromosome-centric proteome project in the cytoplasmic detergent-insoluble proteins. Journal of Proteome Research (2015) 14(9):3693-709.

[2] Yang L, Lian X, Zhang W, Guo J, Wang Q, Li Y, Chen Y, Yin X, Yang P, Lan F *, He QY *, Zhang G *, Wang T *.Finding Missing Proteins from the Epigenetically Manipulated Human Cell with Stringent Quality Criteria. Journal of Proteome Research (2015) 14(9):3645-57.

[3] J Zhong, Y Cui, J Guo, Z Chen, L Yang, QY He, G Zhang *, T Wang *, Resolving Chromosome-Centric Human Proteome with Translating mRNA Analysis: A Strategic Demonstration. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 50-59.

[4] C Zhang, N Li, et al., Systematic analysis of missing proteins provides clues to help define all of the protein-coding genes on human chromosome 1. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 114-125.

[5] Y Liu, W Ying, et al, Chromosome-8-Coded Proteome of Chinese Chromosome Proteome Data Set (CCPD) 2.0 with Partial Immunohistochemical Verifications. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 126-136.

[6] Q Wang, B Wen, et al., Omics Evidence: Single Nucleotide Variants Transmissions on Chromosome 20 in Liver Cancer Cell Lines. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 200-211.
[7] C Chang, L Li, et al., Systematic analyses of the transcriptome, translatome, and proteome provide a global view and potential strategy for the C-HPP. Journal of proteome research (2014) 13 (1), 38-49.