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ChIP-seq ChIP-seq


  染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術相結合的ChIP-seq技術,能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。


       ChIP-Seq首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,并對其進行純化與文庫構建,然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。




實驗流程




技術參數


樣本類型:已ChIP富集的DNA樣品,樣本總量≥50 ng,樣本濃度≥10 ng/μL
測序策略:HiSeq SE50,推薦測序數據量:≥10M clean reads(轉錄因子),≥20 M clean reads(組蛋白)
項目周期:35個工作日

生物信息分析內容


1、數據質控
2、與參考序列比對
3、單樣本分析
3.1 Motif分析
3.2 Peaks注釋與概況
3.3 Peaks相關基因功能富集分析
4、多樣本分析
4.1 Motif分析
4.2 Peaks注釋與概況
4.3 Peaks相關基因功能富集分析
4.4 差異Peak分析
4.5 差異Peaks相關基因注釋與功能富集分析
4.6 SCC分析